Die Besiedlung entlang der Muota reicht weit in die prähistorische Zeit zurück. Während des Mittelalters spielte die Muota eine wichtige Rolle bei der Entwicklung von Siedlungen im Kanton Schwyz. Viele der frühen Siedlungen entlang des Flusses waren landwirtschaftlich geprägt und dienten oft als Standorte für Mühlen und andere wasserbetriebene Einrichtungen. Mit dem Einsetzen der Industrialisierung im 19. Jahrhundert veränderte sich auch der Siedlungsraum entlang der Muota. Neue Industrien siedelten sich an, es kam zu einem Bevölkerungswachstum in den umliegenden Gemeinden und in den natürlichen Verlauf der Muota wurde immer mehr eingegriffen.
Der Bau von Strassen und Brücken entlang des Flusses erleichterte den Zugang zu den Siedlungen und förderte den Handel und die wirtschaftliche Entwicklung der Region. In der jüngeren Geschichte hat sich der Siedlungsraum entlang der Muota weiterentwickelt, wobei gleichzeitig der ökologische Wert des Flusses und seiner Umgebung zunehmend anerkannt wurde, was zu Bemühungen führt, ihn zu schützen und stellenweise mit gezielten Massnahmen zu revitalisieren.
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